JSPから生成されたJAVAプログラムが文字化け

全然気づいて無かったのだが、JSPのプログラムを書くと、～～.javaというJAVAファイルが生成されている。あまり意識することがなかったのだが、ふとしたきっかけでJSPから生成されたJAVAファイルのソースを見てみたら、日本語が文字化けしていた。作成したJSPのページをブラウザで見る分には日本語もきちんと表示され動作も問題ない。
だからいいといえばいいんだけど、しかしこれはこの先なにかのきっかけで支障が出てくるんじゃないかなあと一抹の不安もぬぐえない。
いろいろ検索してみたら、JSPからJAVAソースファイルにコンパイル？する段階での文字エンコーディングがよろしくないみたい。ただ、それをどうやって指定してやれば文字化けが治るのか結局わからなかった。
そもそもコンパイルしているのはサーバで利用しているtomcatの何かしらの設定なのか、開発環境として使っているeclipseの設定なのか、web.xmlで何かしら文字コードについて記述してやればいいのか、JSPのソースの記述の問題なのか、これらのどれでもない何かなのか。ううむ、文字コードややこしい。